এক্সেলে qPCR ডেটা অ্যানালাইসিস: ২টি সহজ, প্রমাণিত পদ্ধতি

qPCR হলো একটি পরিশীলিত টেকনোলজি যা PCR ব্যবহার করে একটি নমুনায় DNA-র পরিমাণ মাপে। qPCR হলো quantitative polymerase chain reaction শব্দটির সংক্ষিপ্ত রূপ। এটা একটি উন্নত প্রক্রিয়া হলেও, আমরা এক্সেলে qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করতে পারি। এই আর্টিকেলে আমরা আপনাকে দুই পদ্ধতি দেখাব কিভাবে এক্সেলে qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করতে হয়। আপনার কৌতূহল থাকলে, আমাদের প্র্যাকটিস ওয়ার্কবুক ডাউনলোড করুন এবং আমাদের অনুসরণ করুন।

এই আর্টিকেল পড়ার সময় অনুশীলনের জন্য এই প্র্যাকটিস ওয়ার্কবুক ডাউনলোড করুন।

qPCR অ্যানালাইসিস কী?

qPCR বা quantitative polymerase chain reaction হলো একটি পরিশীলিত টেকনোলজি যা PCR (polymerase chain reaction) ব্যবহার করে একটি নমুনায় DNA-র পরিমাণ মাপে। qPCR ডেটা অ্যানালাইসিসের দুটি পদ্ধতি আছে।

Double Delta Ct Method

২০০১ সালে, Livak এবং Schmittgen এই অ্যানালাইসিস প্রসিডিউরকে Double Delta Ct মেথড হিসেবে নামকরণ করলেন। এটি Pfaffl মেথডের একটি নির্দিষ্ট কেস। এই মেথড অনুযায়ী, আমাদের দুই গড় সেট এক্সপেরিমেন্টাল ডেটা (Gene Tested Experimental এবং Housekeeping Gene Experimental) এবং কন্ট্রোল ডেটা (Gene Tested Control এবং Housekeeping Gene Control) ইনপুট করতে হবে। এই মানগুলো ব্যবহার করে আমরা ∆CTE এবং ∆CTC এর মান পাব।

∆CTE-র মান বোঝায় Gene Tested Experimental (TE) এবং Housekeeping Gene Experimental (HE)-এর বিয়োগ মান। ∆CTE-র সাধারণ অভিব্যক্তি:

একইভাবে, ∆CTC-র মান বোঝায় Housekeeping Gene Control (HC)-কে Gene Tested Control (TC)- থেকে বিয়োগ মান। এর গাণিতিক অভিব্যক্তি:

এপরে, আমাদের ∆∆Ct-র মান অনুমান করতে হবে। ∆∆Ct-র মান নির্ধারণের ফর্মুলা:

শেষে, আমরা Gene Expression Ratio-এর মান মূল্যায়ন করব। এই মেথড অনুযায়ী, আমরা এক্সপেরিমেন্টাল এবং কন্ট্রোল জিন দুটির জন্য Primer Efficiency 100% ধরে নিই। সুতরাং, Gene Expression Ratio-র অভিব্যক্তি:

Pfaffl Method

Pfaffl মেথড qPCR অ্যানালাইসিসের একটি জেনারেল মেথড। এই মেথডের Double Delta Ct মেথডের সাথে সাদৃশ্য আছে। তবে, এই মেথডে Primer Efficiencies এর মান 100% নয়। এটি যেকোনো সংখ্যা হতে পারে। সাধারণত এই মান ৯০% থেকে ১১০% এর মধ্যে থাকে House Keeping Gene (HKG) এবং Gene of Interest (GOI) দুটির জন্য। ২০০১ সালে, Michael Pfaffl এই অ্যানালাইসিস ফর্মুলা Nucleic Acids Research জার্নালে অফার করেছিলেন।

এই পদ্ধতিতে, আমাদের দুটি সেট ডেটা ইনপুট করতে হবে। এই ডেটা ব্যবহার করে আমরা তাদের গড় মান ক্যালকুলেট করব। তারপর, কন্ট্রোল স্যাম্পলগুলোর গড় অনুমান করব। এথেকে, আমরা ∆Ct-র মান নির্ধারণ করব। ∆Ct-র অভিব্যক্তি:

আরো, Gene Expression Ratio অ্যানালাইজ করার গাণিতিক ফর্মুলা:

এক্সেলে qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করার ২ সহজ পদ্ধতি

এই প্রসঙ্গে, আমরা তিন বা পাঁচ স্যাম্পল ডেটার জন্য qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করব। প্রথমে Double Delta Ct মেথডের জন্য অ্যানালাইসিস করব এবং তারপর Pfaffl method দেখাব।

১. Double Delta Ct Method দিয়ে qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করা

Double Delta Ct মেথড দিয়ে qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করার জন্য, আমরা ৫টি DNA স্যাম্পলের ডেটাসেট বিবেচনা করছি। এই মেথডে, এক্সপেরিমেন্টাল জিন এবং কন্ট্রোল জিন দুটির জন্য PCR Primer Efficiencies-র মান 100% ধরা হয়। আমরা দাবি করতে পারি যে এটি Pfaffl method-এর একটি নির্দিষ্ট কেস। ধাপগুলো নিচে দেওয়া হলো:

📌 ধাপসমূহ:

• প্রথমে, ছবি অনুযায়ী সঠিকভাবে সকল জিন ভ্যালু ইনপুট করুন। আমাদের Gene Tested Experimental(TE) এবং Housekeeping Gene Experimental(HE)-র সকল এক্সপেরিমেন্টাল ভ্যালু কলাম B এবং C-এ ইনপুট করতে হবে। একইভাবে, Gene Tested Control(TC) এবং Housekeeping Gene Control(HC)-র সকল কন্ট্রোল ভ্যালু কলাম D এবং E-এ ইনপুট করতে হবে।

• এখন, সেল F5-এ, ∆CTE-র মান ক্যালকুলেট করার জন্য নিচের ফর্মুলা লিখুন।

=B6-C6

• Enter চাপুন।

• একইভাবে, ∆CTC-র মান অনুমান করতে, সেল G5-এ নিচের ফর্মুলা লিখুন।

=D6-E6

• আবার, Enter চাপুন।

• তারপর, সেল H5 সিলেক্ট করুন এবং ∆∆Ct-র মান পাওয়ার জন্য নিচের ফর্মুলা লিখুন।

=F6-G6

• Enter চাপুন।

• শেষে, Gene Expression Ratio বা 2^(−∆∆Ct)-র মান ক্যালকুলেট করতে, সেল I5-এ নিচের ফর্মুলা লিখুন।

=2^(-H6)

• শেষবারের জন্য Enter চাপুন।

• এপরে, সেল রেঞ্জ F6:I6 সিলেক্ট করুন।

• Fill Handle আইকনে Double-click করুন সারি ১০ পর্যন্ত ফর্মুলা কপি করার জন্য।
• আপনি প্রতিটি স্যাম্পলের জন্য Gene Expression Ratio-র মান পাবেন।

সুতরাং, আমরা বলতে পারি যে আমাদের পদ্ধতিটি সফলভাবে কাজ করেছে, এবং আমরা এক্সেলে qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করতে পারছি।

🔍 ফলাফলের ব্যাখ্যা

সেল I5-এ Gene Expression Ratio-র মান 0.6507 মানে হলো টেস্টেড কন্ডিশন-এ জিন স্যাম্পলগুলো কন্ট্রোল কন্ডিশন-এর সাপেক্ষে, আমাদের হাউসকিপিং জিনকে নরমালাইজ করে, সব ৬৫.০৭% জিন এক্সপ্রেশন হয়েছে আমাদের টেস্টেড কন্ডিশন-এ কন্ট্রোল কন্ডিশন-এর সাথে।

আরও পড়ুন: এক্সেলে বড় ডেটাসেট অ্যানালাইজ করা (৬ কার্যকর পদ্ধতি)

সাদৃশ্য পড়ুন

• এক্সেলে সেলস ডেটা অ্যানালাইজ করা (১০ সহজ পদ্ধতি)
• [Fixed:] এক্সেলে Data Analysis না দেখানোর সমস্যা সমাধান (২ কার্যকর সমাধান)
• এক্সেলে লিকার্ট স্কেল ডেটা অ্যানালাইজ করা (দ্রুত ধাপে)
• প্রশ্নাবলি থেকে কোয়ালিটেটিভ ডেটা এক্সেলে অ্যানালাইজ করা

২. Pfaffl Method দিয়ে qPCR অ্যানালাইজ করা

এই পদ্ধতিতে, আমরা Pfaffl method ব্যবহার করব। এই মেথডের Double Delta Ct মেথডের সাথে মূল পার্থক্য হলো এক্সপেরিমেন্টাল জিন এবং কন্ট্রোল জিন দুটির জন্য PCR Primer Efficiencies এর মান 100% নয়। এই উদাহরণে, আমরা দুটি কেসের জন্য Primer Efficiency এর মান অনুমান করব। House Keeping Gene স্যাম্পলের জন্য, আমরা Primer Efficiency-র মান ৯৩% অনুমান করছি, যementara Gene of Interest-এর জন্য এই মান হবে ১০১%। এই মেথডের ধাপগুলো নিচে দেওয়া হলো:

📌 ধাপসমূহ:

• প্রথমে, ছবি অনুযায়ী সঠিকভাবে সকল জিন ভ্যালু ইনপুট করুন। আমাদের House Keeping Gene (HKG) এবং Gene of Interest (GOI)-র treated এবং control জিন ভ্যালু দুটি সেট ইনপুট করতে হবে। দুটি জিন সেট Ct-1 এবং Ct-2 হিসেবে ডেনোট করা হয়েছে।

• প্রথমে, আমরা House Keeping Gene (HKG) সেকশনের সকল ক্যালকুলেশন পূর্ণ করব।
• এখন, আমরা দুটি সেটের গড় মান নেব। সেজন্যে, আমরা AVERAGE ফাংশন ব্যবহার করব।
• সেল E6-এ নিচের ফর্মুলা লিখুন।

=AVERAGE(C6:D6)

• Enter চাপুন।

• তারপর, Fill Handle আইকনে Double-click করুন সেল E11 পর্যন্ত ফর্মুলা কপি করার জন্য।

• এপরে, আমাদের তিনটি কন্ট্রোল ভ্যালুর গড় অনুমান করতে হবে।
• সেজন্যে, মার্জ করা F6-এ নিচের ফর্মুলা লিখুন।

=AVERAGE(E9:E11)

• Enter চাপুন।

• এখন, সেল G6 সিলেক্ট করুন এবং ∆Ct-র মান পাওয়ার জন্য নিচের ফর্মুলা লিখুন। সেল F6-এর জন্য Absolute Cell Reference ইনপুট করা নিশ্চিত করুন।

=E6-$F$6

• আবার, Enter চাপুন।

• তারপর, Fill Handle আইকনে Double-click করুন সেল G11 পর্যন্ত ফর্মুলা কপি করার জন্য।
• আমাদের House Keeping Gene (HKG)-র সকল ক্যালকুলেশন শেষ।

• একই প্রক্রিয়া অনুসরণ করে Gene of Interest (GOI) সেকশনের সকল ক্যালকুলেশন পূর্ণ করুন।

• শেষে, সেল O6-এ এক্সপ্রেশন রেশিওর মান পাওয়ার জন্য নিচের ফর্মুলা লিখুন। সেল N6 এবং H6-এর জন্য Absolute Cell Reference নিশ্চিত করুন।

=($N$6^M6)/($H$6^G6)

• শেষবারের জন্য Enter চাপুন।

• এখন, Fill Handle আইকনে Double-click করুন সেল O11 পর্যন্ত ফর্মুলা কপি করার জন্য।
• আপনি প্রতিটি স্যাম্পলের জন্য এক্সপ্রেশন রেশিওর মান পাবেন।

সুতরাং, আমরা বলতে পারি যে আমাদের পদ্ধতিটি সফলভাবে কাজ করেছে, এবং আমরা এক্সেলে qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করতে পারছি।

উপসংহার

এই আর্টিকেলের সমাপ্তি এখানে। আশা করি এই আর্টিকেল আপনার জন্য উপকারী হবে এবং আপনি এক্সেলে qPCR ডেটা অ্যানালাইজ করতে পারবেন। আপনার আরও কোনো প্রশ্ন বা সুপারিশ থাকলে নিচে কমেন্ট সেকশনে আমাদের সাথে শেয়ার করুন।

আমাদের ওয়েবসাইট ExcelDemy-কে এক্সেল-সম্পর্কিত সমস্যা ও সমাধানের জন্য চেক করতে ভুলবেন না। নতুন পদ্ধতি শিখতে থাকুন এবং বড় হতে থাকুন!

সম্পর্কিত আর্টিকেল

• পিভট টেবিল ব্যবহার করে এক্সেলে ডেটা অ্যানালাইজ করা (৯ উপযুক্ত উদাহরণ)
• এক্সেলে টাইম-স্কেলড ডেটা অ্যানালাইজ করা (সহজ ধাপে)
• এক্সেলে কোয়ালিটেটিভ ডেটা অ্যানালাইজ করা (সহজ ধাপে)
• এক্সেল ডেটা অ্যানালাইসিস ব্যবহার করে কেস স্টাডি পারফর্ম করা
• এক্সেলে টেক্সট ডেটা অ্যানালাইজ করা (৫ উপযুক্ত পদ্ধতি)