হার্ডওয়্যার সমস্যা ছাড়াও সফটওয়্যার সমস্যা (ভ্রষ্ট স্টার্টআপ ফাইল, অবৈধ বুট ফাইল) שבגלל কম্পিউটার সঠিকভাবে বুট হতে পারে না। এতে মাইক্রোসফটের স্টার্টআপ রিপেयर টুল কাজে আসে, যা উইন্ডোজ XP থেকেই উপলব্ধ। উইন্ডোজ ৮, ৮.১ এবং ১০-এ স্টার্টআপ রিপেयर করার তিনটি পদ্ধতি আছে:
বায়োস (BIOS) এ যেনে বুট অর্ডার পরিবর্তন করা
নিচের সমাধানগুলো করার জন্য বুট অর্ডার জানা প্রয়োজন। কম্পিউটার রিস্টার্ট করুন। স্টার্টআপে মাদারবোর্ড অনুযায়ী Esc, Delete, F2, F8, F10 বা F12 চাপে BIOS/UEFI-এ যান। সাধারণত F2। পোস্ট স্ক্রিনে বা ম্যানুয়ালে লেখা থাকে। "Boot" ট্যাবে যান।
পদ্ধতি ১: স্টার্টআপ অপশন স্ক্রিন থেকে স্টার্টআপ রিপেयर
উইন্ডোজ ৮/৮.১/১০-এর প্রায় সব কম্পিউটারে রিকভারি টুলস বিল্ট-ইন থাকে। স্টার্টআপ রিপেयर उनमें একটি। এই পদ্ধতিতে আপনাকে উইন্ডোজে সাইন-ইন করতে পারতে হবে বা অন্তত লগইন স্ক্রিন পর্যন্ত পৌঁছাতে হবে।
পাওয়ার বাটনে ক্লিক করুন, Shift কি ধরে রাখুন, এবং Restart ক্লিক করুন। 
কম্পিউটার বুট হলে Startup Options স্ক্রিন আসবে। সেখানে Troubleshoot ক্লিক করুন। 
Advanced options → Automatic Repair (হতে পারে Startup Repair বা Start-up repair লেখা থাকে)। অপারেটিং সিস্টেম বেছে নিন। অ্যাডমিনিস্ট্রেটর একাউন্ট বেছে নিন, পাসওয়ার্ড দিন, Continue ক্লিক করুন। রিপেयर শুরু হবে। নির্দেশনা মেনে চলুন। শেষে রিপোর্ট বলবে সমস্যা খুঁজে পাওয়া গেলো কিনা এবং ফিক্স হয়েছে কিনা। 
পদ্ধতি ২: ইনস্টলেশন মিডিয়া (ডিস্ক/USB) দিয়ে স্টার্টআপ রিপেयर
ইনস্টলেশন ডিস্ক বা USB ইনসার্ট করে কম্পিউটার রিস্টার্ট করুন। না থাকলে Rufus বা Media Creation Tool দিয়ে বানান। বুটিং শুরু होते ही BIOS-এ যান (সাধারণত F2) এবং বুট অর্ডার থেকে ইনস্টলেশন মিডিয়া বেছে নিন। 
পরিবর্তন সেভ করে বেরিয়ে আসুন। "Press any key to boot" বললে কী চাপুন। ভাষা, টাইম জোন, কীবোর্ড লেআউট বেছে নিন, Next। "Install now" বাটনের নিচে বাম পাশে Repair your computer ক্লিক করুন। 
এখন Startup Options স্ক্রিনে আসবেন। সেখান থেকে: Troubleshoot → Advanced options → Automatic Repair।
অপারেটিং সিস্টেম বেছে নিন, অ্যাডমিন একাউন্ট বেছে নিন, পাসওয়ার্ড দিন, Continue। রিপেयर শুরু হবে। শেষে রিপোর্ট দেখুন।
পদ্ধতি ৩: সিস্টেম রিপেयर ডিস্ক দিয়ে স্টার্টআপ রিপেयर
প্রিপেয়ার করা সিস্টেম রিপেयर ডিস্ক (বা অন্য একই ভার্সনের উইন্ডোজ কম্পিউটারে বানানো ডিস্ক) ব্যবহার করুন। ডিস্ক ইনসার্ট করে রিস্টার্ট করুন। BIOS-এ যান, বুট অর্ডার থেকে ডিস্ক বেছে নিন। সেভ করে বেরিয়ে আসুন। "Press any key" বললে কী চাপুন। কীবোর্ড ল্যাঙ্গুয়েজ বেছে নিন। Startup Options স্ক্রিনে আসবেন। সেখান থেকে: Troubleshoot → Advanced options → Automatic Repair। অপারেটিং সিস্টেম বেছে নিন, অ্যাডমিন একাউন্ট বেছে নিন, পাসওয়ার্ড দিন, Continue। রিপেयर শুরু হবে। শেষে রিপোর্ট দেখুন।
